La idea de nuestra escuela comenzó cuando un pequeño grupo de educadores, líderes comunitarios y padres se reunieron para hablar del poder de la educación para transformar los barrios degradados del suroeste de Baltimore. En agosto de 2002, cuatro congregaciones religiosas: las Hermanas Educadoras de Notre Dame, las Hermanas de Bon Secours, las Hermanas de la Misericordia y las Hermanas de Notre Dame de Namur, decidieron llevar a cabo un estudio de viabilidad de la escuela que consistiría en revisar los datos demográficos de las zonas censales del suroeste de Baltimore, realizar grupos de discusión con padres de la zona y entrevistar a organizaciones del vecindario. Durante este proceso, los padres y los líderes de la comunidad señalaron la necesidad crítica de intervenir en la vida de sus hijos de secundaria.

En junio de 2003, las cuatro congregaciones se habían comprometido a trabajar juntas para crear una nueva escuela secundaria para chicas. La escuela abrió el 7 de septiembre de 2004 con el quinto curso. Durante los tres años siguientes, añadimos un nuevo curso cada otoño. En el curso 2007-2008, matriculamos por primera vez a alumnos de los cuatro cursos: 5º, 6º, 7º y 8º. Nuestra primera promoción de alumnos de octavo curso se graduó en la Academia Sisters el 4 de junio de 2008, completando la fase fundacional de cuatro años de la escuela.

La Academia de las Hermanas de Baltimore recibió su Certificado de Aprobación como escuela media para los cursos 5º, 6º, 7º y 8º del Departamento de Educación del Estado de Maryland en noviembre de 2007. En la primavera de 2015, la escuela se convirtió en miembro de pleno derecho de la Asociación de Escuelas Independientes de Maryland y DC (AIMS) y recibió la acreditación de esa organización hasta 2026.